1985年，化学工程系组建了生物化工专业教研室、生物化工专业实验室，同年开始招收生物化工本科生。2001年，与制药工程专业联合组建为化学工程学院制药与生物工程系。经过近20年的发展、尤其是通过学校“523实验室工程”项目建设，生物工程专业的实验条件得到了巨大提升。本实验室同时是“四川省制药工程与技术高校重点实验室”的运行支持平台。

实验室现有一般教学科研仪器设备：光学显微镜、微生物培养系统、蒸汽灭菌设备、蒸馏水设备等90台件，包括大型精密贵重仪器：多套生物发酵罐、净化工作台、冷冻干燥机等。

生物工程实验室面向化学、化工类学生开设实验课程，主要承担生物工程专业、制药工程专业的各类专业基础生命科学实验课程，包括《生物工程专业实验》、《生物化学实验》、《微生物学实验》等。每年接纳学生150人，实验人时数14,000人学时/年。