1998年在化学工程学院应用化学专业的基础上，组建化学工程系制药工程专业，自1999年起，开始招收制药工程专业本科。2001年，制药工程专业与生物化工专业联合组建了化学工程学院制药与生物工程系，同年组建制药工程实验室。本实验室同时是“四川省制药工程与技术高校重点实验室”的运行支持平台。 从制药与生物工程系组建以来，得到了学校“523实验室工程”建设和制药工程特色专业建设的持续投入，有效地支持了制药工程的专业教学，并逐步在技术服务和技术开发上取得进展。实验室现有各种仪器设备196台(套)，其中大型精密贵重仪器有：制备型柱层析、高效液相色谱、气相色谱、液相色谱柱装填系统等。一般教学科研仪器有：激光粒度仪、紫外-可见分光光度计、高压反应系统、粉碎机、喷雾干燥-造粒机、压片机、智能溶出度仪、四用片剂检测仪、显微熔点仪、旋转薄膜蒸发仪、真空干燥箱、有机制备设备等。

制药工程实验室通过整合药理学、药物化学、工业药剂学、药物分析、天然药物化学等多门专业理论课教学相关的实验内容，包括化学合成制药、中药提取、制剂及药物分析实验，重点开设综合性的《制药工程专业实验》。在此基础上，逐步面向化工学院各专业，增加制药工程专业选修实验项目数量，并开始建设面向全校化学化工类专业的现代制药技术选修实验。实验室面向化学、化工类学生开设实验课程，每年接纳学生140-200人，完成实验人时数14,000人学时/年。